Я не в Боснии на данный момент Получается мне надо работать с консульством, получить визу Д и ехать на трудоустройство непосредственно в БиХ?

Вам сначала Ваш работодатель оформляет разрешение на работу (radna dozvola). Только после оформления разрешения Вам нужно подаваться на визу D. Т.к. для D нужны основания. В данном случае - это Ваше radna dozvola.