Такой вопрос. через Дубай если лететь в Таллин, есть российский паспорт с визой грубо говоря, есть кыргызский паспорт но без визы, пропускают вообще с российским паспортом с визой или обратно отправляют?

Про киргизский паспорт ничего не знаю, а вот с российским паспортом из Дубая вас не пустят.

Вам надо либо визу в пасп Киргизии получать, либо менять маршрут так, чтобы въезд в шенген был не через страны, ограничившие въезд держателей пасп рф с визой "С".