Подскажите пожалуйста, что будет если хозяин квартиры в Казахстане не сделал уведомление о пребытие, а прошло уже почти 3 месяца.

Ничего не будет, пограничники не контролируют уведомления. И миграционке вы не нужны с этим вопросом. По возвращении можно сделать новое, чтобы не было вопросов при продлении РВП (если планируете).

В миграционную точно не нужно ехать. Штраф за неуведомление положен только собственнику жилья.

В миграционную точно не надо ехать. На границе же РВП проверяют, а не уведомление. В принципе, если собственник уже приехал из командировки, то даже на день- два перед вашим выездом сделает уведомление и технически оно у вас есть.