Подскажите, можно ли въехать в Грузию по паспорту РФ, а в аэропорту вылететь по Украинскому?

Насколько я знаю, въезжать и выезжать надо по одному паспорту. Но я не знаю, что за это будет

Можно. Только на паспортном контроле при вылете вы должны показать тот паспорт, по которому въехали в Грузию, а билет у вас будет на украинский паспорт.