Мы гр. Молдовы и РФ, планируем поехать на пару дней из РФ в Литву на машине с молдавскими номерами.

Молдовы и РФ -- это по два гражданства у всех участников?

Или у одного Молдовы, а у другого РФ?

Я про то, что:

-- Литва не всякого гражданина РФ к себе пустит;

-- границу Россия-Беларусь по земле могут пересекать только граждане РФ и РБ независимо от того, что у них есть виза / внж в РФ или РБ.

Не знаю, что у вас с визами (или другими документами, по которым вы планируете пересекать границу), но границу РФ-Латвия редко рекоммендуют. Есть риск застрять на сутки и более

На обратном пути могут захотеть таможенный депозит, если у вас есть постоянная прописка в РФ.

Варианта пути два -- или через Латвию и границу с РФ, но это сутки на границе; или через Беларусь в Литву въезжать.