Смогу ли я остаться в Харбине транзитом 40 часов со следующим вылетом в Японию? Для этого заранее нужно делать визу?

если прилетаете в Харбин и вылетаете из него прямыми международными рейсами, то можно без визы.

Да. Но, заранее приготовьте бронь гостиницы для получения безвиза в аэропорту.