Подскажите такая ситуация, билет стамбул-афины-стамбул приобретён на один паспорт, а виза оформлена на другой паспорт. Могут ли быть проблемы при регистрации на рейс ?

Именно на регистрации ее и проверяют. Если регистрация электронная, то проверять будут непосредственно перед посадкой в самолет. Так что тут всего 2 варианта: 1. Либо пытаться поменять в авиакомпании номер паспорта (в чем я очень сомневаюсь) 2. Либо с собой иметь на регистрации оба паспорта и убедить сотрудников, что летите вы по этому паспорту, а вот границу будете проходить по другому, в котором виза.

@Юрий: А вот интересно, ведь можно же пройти российскую границу по одному паспорту, а границу ЕС по другому?

@Любовь: А почему нет? Пограничнику в РФ или Стамбуле вообще всё равно, есть у вас виза или нет и куда вы летите! Ему важно только, что вас нет в базах ограничений и убедиться, что вы ТУРИСТ. Отсюда и вопрос от них всегда: "Цель поездки?!". А вот авиакомпании очень надо убедиться, что вы пройдете границу в пункте прилета, тк в противном случае они вас вывозят за свой счет обратно! Поэтому именно на регистрации представитель авиакомпании проверяет визу или иной документ для въезда в страну следования!