Доброе время суток, внучке исполнилось 16, гражданство РФ, нужно ли ей сделать выход и заход, для вида на жительство в Казахстане, родилась и учится в Алматы?

Не нужно. Но в течение 10 дней она должна оформить РВП. На ВНЖ же она не успеет подать за эти 10 дней. Сначала РВП по учебе, а потом спокойно на ВНЖ. Нарушать сроки пребывания ей нельзя, иначе на ВНЖ только через год сможет подать.