На границе Чехии с Германией туда и обратно не проверяют авто? У граждан РФ с шенгеном, проблемы не возникают?

Выборочная есть проверка. По D5 вообще заворачивают на отдельный проезд по "пит-лейну".

если Шенген не просрочен, то проблем быть не должно

Проверяют документы если авто не чешское. Если визы есть, проблем нет.