Скажите пожалуйста, а подаваться на внж в Испании по учёбе можно только из страны где есть гражданство/внж? Приехать в Испанию и там податься нельзя?

Как раз по учёбе можно податься из Испании. Но для этого вы в стране должны быть легально, например по тур. визе и на момент подачи у вас должно быть не менее 30-и дней легального пребывания в Шенгене (срок действия визы с учётом шенгенского правила 90/180)