Подскажите, пожалуйста, нужна ли отметка о гражданстве в свидетельстве о рождении для перелета с ребенком в Калининград?

Не нужна, потому границу не пересекаете

Я бы сделала. Нас в прошлом году в аэропорту не хотели сажать с заламинированным свидетельством