Билет в Казахстан куплен по Российскому паспорту, а на границе могу дать загранпаспорт, чтобы отметку сделали?

Можно. Но могут попросить паспорт на который выписан билет.

Всегда покупаю билет на внутренний, погранцам даю загран. На казахстанской стороне загран+ВНЖ