Я показывала наличие денег при подаче на ВНЖ с одного счета. Могу ли я показать сумму на счету с разных счетов, когда буду забирать ВНЖ карту?

Теоретически магистрату совершенно всё равно, главное — чтобы денег хватало, и они были доступны Вам в Австрии, т. е. счета должны быть Вашими.