Мы с женой въехали по D3 ( по её работе) , получили внж Португалии на 2 года, оно закончится в сентябре 2025.

ну по ИП может продлиться владелец ИП, а не оба, жена по идее по браку должна тогда будет

По вашему ип сможете продлиться только вы сам, жене придётся открывать своё собственое. Делать спецом ничего не надо, просто на продление принесёте бумаги как на подачу по 89.2.