Подскажите, пожалуйста, спрашивают ли по прилету в Мале QR код (имуга) как это было раньше в ковидные времена?

Да.

И по вылету тоже надо если что)

Заполнять обязательно, если правильно заполнить - не спросят (но это не значит что не надо было заполнять)