Подскажите пожалуйста, может кто-то сталкивался с таким случаем. Может ли гражданин Бельгии ( второе гражданство РФ)

Да, может.

С России прям не въедишь, в шенген имеется ввиду наверное. По внж и росс. паспорту въезжают же. По belg id тоже можно.

Без проблем. Лично так делал всегда. Вы не обязаны иметь паспорт.