Подскажите пожалуйста, купили билеты со Стамбула в Ниш с расчетом выйти в Белграде, но не учли что с багажом и его не отдадут, т.

Вы можете в Стамбуле попросить оформить багаж только до Белграда

Если вы не явитесь на рейс, багаж с него просто выгрузят. Будут ли к вам какие-либо штрафные санкции за рерутинг — отдельный вопрос. Но проще и лучше всего просто попросить зарегистрировать багаж до Белграда