Открыто ип в Грузии, при платежах в валюте на счёт в грузинском банке необходимо в платёжном поручении указывать в счёте наименование валюты? Например GE5693939290202EUR?

Указываете IBAN Вашего счета так, как он указан в его реквизитах. Если счета разделены по валютам, тогда нужно указывать так. Если для всех валют один общий счет, тогда этот счет, нужная валюта сама тогда упадет на нужный счет.