У моего друга просрочен булетин и загранпаспорт. Он брал кредит в Молдове на ремонт дома мамы в России. Ему откажут в посольстве на ВНЖ в России даже после обновления всех документов из-за кредита?

Только из-за кредита нет. Но если банк через суд уже выиграл дело, отдал его судебному исполнителю, а судебный исполнитель применил запрет на выезд (через суд), то тогда загран не выдадут. То есть минимум 2 суда должны были уже пройти.