Подскажите, слышала, что есть прямой поезд до Калининграда из Москвы и там остановка в Литве прям. Это сейчас актуально?

Нет в Литве остановок.

Нет, уже запретили там выход. Но можно доехать до Чернышевского (это в Калининградской области, на границе с Литвой), там перейти границу пешком до Кибартая, оттуда поехать в Вильнюс / Каунас.