Когда лучше активировать eSIM в AirAlo? Перед вылетом или можно, допустим, за день до прибытия в Японию?

Оба варианта норм.

Активируется она ток если сеть японскую поймает.

Она сама активируется, когда обнаружит подходящую - японскую - сеть, раньше она просто не заработает. Это если покупать именно японскую есим у них.

Не принципиально, на ваше усмотрение.