Подскажите: если у меня пасспорт РФ, но делал я его в посольстве РФ но в Узбекистане, то в графе issued by будет РФ или Узбекистан?

На практике не знаю, но по логике рф должно быть конечно.

Я получал в консульстве в Сараево, у меня написано выдано «МИД России N°…» думаю у вас так же будет.

Речь про загран же? там код выдавшего подразделения, т. е. посольства РФ в Узбекистане.