А посоветуйте, куда можно сходить в Киото если сутра до вечера, весь день будет идти дождь, про национальный музей и ТЦ понятно, а кроме этого?

Железнодорожный музей.

Как вариант, можно сходить на рынок Нишики (он под крышей), там еще есть две торговые улицы, проходящие через рынок Я там часа 3 гуляла.

Мы в такой ситуации ездили в Нагою в музей Тойоты, а потом возле него закупались в классном АЕОН молле возле сада Норитаке.