Где лучше всего менять доллары в Токио на йены в аэропорте или в городе? И какие-то есть ограничения ввоза валюты?

Лучше менять в аэропорту, курса выгоднее нет.

В Ханеде закрыли на ремонт, в городе рекомендуют ninja на гинзе и world currency shop, их можно в гуглкартах найти. Ещё про shinjuku писали, сто там есть.