А если пересекать границу РФ/Беларусь по внутреннему паспорту РФ, это считается за пересечение государственной границы? Будет ли в какой-нибудь базе ФСБ запись, что человек пересек гос. границу?

Я так понимаю, что нет. Потому что я пересекал, мои данные на таможне записали в комп и пропустили, а на обратном пути просто посмотрели паспорт и пропустили. То есть если бы делалась отметка о выезде из РФ, то должна была быть и отметка о возвращении, но никто мои данные никуда не вбивал на обратном пути. Плюс к этому у меня запрет на выезд из РФ от ФССП. Никаких вопросов не возникло.