У нас ситуация что у матери в фамилии буква C, а у двоих детей вместо нее S. не будет ли проблем при въезде в ОАЭ?

Если это ошибка то нужно исправлять.

Я при покупки билетов тоже ошиблась вместо S написала C сказали если не исправить могут не пропустить. А исправление платное .

По международным правилам допускается 3 ошибки, если они не меняют смысл написанного. Вообще не парьтесь. Авиакомпания скажет, что надо платить, но вообще забейте. И уж тем более никто не будет сравнивать паспорта. При транслитерации можно использовать разные буквы. «С» и «S», либо при российской букве Ц можно писать «С» и «ТS». Как и буквы «V» и «W» в разных именах.

Я летаю по 50-60 перелетов в году. И с ошибками летал десятки раз. Если ошибки не меняют смысл написанного, то ничего делать не нужно.