Подскажите, пожалуйста, могут ли возникнуть проблемы\вопросы при оформлении визы в Венгрию, если будут выкуплены билеты туда до Будапешта, а обратные из Праги ?

Обычно вопросы возникают только в том случае если нет бронирования жилья на какую-то ночь. Мы один раз писали сопроводительное письмо, что планируем "ехать на поезде всю ночь". Так технически им неважно как вы собираетесь лететь, лишь были билеты за пределы шенгенской зоны.