Здраствуйте, вопрос: если просрочили сроки подачи внж при первом въезде, можно ли сразу подать на внж во время второго въезда спустя 90 дней после выезда?

Можно.

Только непонятно что значит просрочили сроки подачи на ВНЖ. Вы просто не успели подать за 90 дней? Или вы пробыли более 90 дней с нарушением сроков пребывания?