Подскажите пожалуйста, если я гр. РФ сделаю перевод в Баку, по золотой короне самой себе укажу свой загранпаспорт по смогу я его по приезду получить?

Да, сможете. Только говоря «укажу свой загранпаспорт» означает, что вы при оформлении перевода ФИО получателя укажете как в своем загранпаспорте и при получении перевода предъявите свой же загранпаспорт.