Подскажите кто сталкивался с данной ситуацией, что вы делали?

Ничего не нужно менять. Но, заезжать надо было по паспорту, на который РВП. Пограничники могли не совместить паспорта и вы как турист, а не по РВП. Сходите в миграционную, пусть проверят по базе как оформлен въезд, чтобы потом вдруг просрочки пребывания не возникло.