Есть ли смысл платить за прохождение Койдула или Лухама и на какую лучше ехать, чтобы пересечь границу с Эстонией ?

9 евро в любом случае платить нужно. Сейчас особой разницы нет через какой КПП ехать, и там и там лотерея, можно за 3 часа проскочить, а можно и на дольше застрять.