При модификации студенческой визы Испании с правом на работу в резиденцию по cuenta propia, сохраняется ли разрешение на работу до вынесения решения? Или придется закрывать аутономо и потом открывать заново?

Если податься на модификацию до истечения срока студ визы то ее действия продлевается пока не будет новой резолюции (у меня так по крайней мере было с cuenta ajena)

Не нужно будет закрывать. Да, поработаете чуть-чуть в неурегулированном статусе, пока рассматривается модификация, но из-за этого проблем не должно возникнуть.