Куда вообще подавать данные на визу в Японию если ты не из Москвы и Питера)) Мы из Ростова-на-Дону и не могу до конца разобраться в интернете как / куда отправлять документы на визу Японскую .

Либо ехать в мск/питер, либо отправлять через сдэк/пониэкспресс.

В Москву. С курьером. Например, pony express.

Я сам из Ростова , ездил в мск. У нас сомнительные визовые агенты. Я поэтому сам ездил. За 4 дня оформили визу. И ждать 2-3 недели как говорил агент , если сроки жмут , лучше подавайте сами.