Скажите пожалуйста, с 2-ным гражданством я могу вылететь в Россию с паспортом Киргизии?

Если у вас 2-е гр-во - это РФ, то в РФ вы обязаны по закону въезжать по паспорту РФ. Даже если предъявите другой паспорт - по базе будет виден ваш РФ-паспорт. Будут сложности потом...