Подскажите пожалуйста, обязательно ли указывать диплом бакалавра в анкете EE в Канаду, при наличии эвалюированного диплома магистра? Не будет ли проблемы, что в education history указано только 2 года одобренной WES магистратуры?

В education history вы можете указать всю свою историю обучения, хоть с начальной школы. Для образования, для которого есть ECA, сформируются поля для подтверждения, куда вы вложите сканы самого диплома, приложения, переводов и WES (в вашем случае это только диплом магистра), для остальных - не сформируется, т. к. вы укажете, что ECA нет - подтверждать нужно только эвалюированное образование.