Подскажите, пожалуйста, репатриируемся в Израиль, часто ли после успешного прохождения собеседования с консулом МВД дает отказ на получение гражданства? И в каких случаях такое может произойти?

Количество случаев, когда при въезде с визой отказывают в гражданстве, исчезающе мало. Как правило, если обнаруживаются недостоверные данные в поданных документах. Впрочем, помурыжить с выдачей ТЗ могут вполне, но это не фатально.