При наличии двух паспортов (с двумя гражданствами), какой паспорт указывать в БИЛЕТ из СПб в Таллин? ЗагранПаспорт РФ или паспорт второго гражданства, по которому вьезжаю в Эстонию? Спасибо.

В билете - второго гражданства, на границе РФ показывайте РФ, а в Эстонии - второй. Потому что им нужно понимать, что вы до места назначения доберетесь и есть основания.

В билете любой, сотрудники проверят оба. При отсутсвии второго просто не посадят.