Репатриировались семьей в Израиль. Покупаю билеты родителям авиакомпании Ред вингс, на какой загран делать покупку? На израильский или на Российский? В Бэн Гурионе они должны пройти границу и оба паспорта предъявить?

Граждане Израиля должны въезжать в Израиль по израильскому паспорту.

На любой. пройти границу по изр, на регистрацию на рейс оба или только рус.

Без разницы. Вы паспорт на контроле при отлете показываете в любом случае российский, для авиакомпании при регистрации — тот, на который брали билеты, на контроле в Израиле в любом случае израильский.