Подскажите пожалуйста, при подаче на португальский шенген могут быть отказ если есть португальский ниф? Спасибо.

Решение принимает посольство. Большие сомнения, что они лезут в финансаш и проверяют .

Nif - всего лишь налоговый номер. Он не даёт право на въезд и не отбирает его, и не мешает получению туристических виз.