Подскажите, пожалуйста, где удобней ориентироваться по передвижению в метро и вообще по токио.

Скачайте приложение норикаэ, навитайм, их очень много аналогов различных.

Japan transit planner - идеально по всей Японии было. Инет только нужен. От станции до станции любого города строил. Или от автобусной остановки или от отеля можно. И предлагает несколько маршрутов и сразу цену пишет.