Подскажите, пожалуйста, интересные закрытые пространства в Кансае/ Тохоку/Фукуоке ( есть пасс на эти регионы)?

Нет такого пасса, который действует в Тохоку и Фукуоке. Ну кроме классического, который действует везде. В аквариум в Осаке сходите (часа 3-4). В железнодорожный музей в Киото, если интересно. Есть и куча музеев поменьше. Парк Мира в Хиросиме (тоже крупный музей). Можно на пивзавод сходить какой-нибудь, чтобы совсем грустно не было, но это примерно час и по записи. Тимлаб вроде и в Кансае, и в Фукуоке есть. А вообще вот так, что везде и на всю неделю дожди, так не бывает) и под дождём тоже надо гулять, например на Коясан очень атмосферно. Или вот в онсене приятно отмокать.