Можно ли с армянской фамилией (заканчивается на ЯН) но российским паспортом лететь транзитом через Баку в другую страну?

Паспортный контроль не проходите, соответственно проблем не должно возникнуть вообще. И зависит от авиалиний, если Azal - пустят ли, если другие - то проблем нет. А вообще основная проблема с ЯН - не посещал ли Карабах, если не посещал, то проблем не должно быть вообще, если посещал - то забыть про Баку навсегда, даже если транзит)