Подскажите, лечу с детьми в Абу-Даби, но фамилии у нас разные (у меня девичья), нужно ли разрешение на вывоз детей от отца? или достаточно перевода свидетельств о рождении на английский?

Не надо разрешение от второго родителя, да и перевод не надо, в другой стране будут только паспорт смотреть и Ваш и ребенка, а наши погранцы по-русски читают)

Вам нужны только свидетельства о рождении детей для российской границы. Здесь ничего не просят.