Съездила к внукам в Израиль, пробыла 90 дней, с сентября по декабрь. Когда можно заезжать вновь, откуда считать?(Гражданство Рф)

Тут всё на усмотрение пограничника, в теории и в январе могут пропустить, а на практике и через месяца после выезда могут развернуть. Всё зависит от целей вашего визита.