Скажите, если есть на руках виза по воссоединению, но при этом приезжать лишь периодически в Бельгию, то не забанят ли визу? Просто по ощущению, что подразумевается что ты будешь там жить.

Подразумевается, чтобы жить. Вам дали на 6 месяцев или на год? Вот вы в течение этого времени должны поехать и получить айди.

На следующий запрос могут отказать в визе. Т. к. это виза для воссоединения с партнёром и проживания на территории Бельгии вместе с партнёром, а не для визитов. И после получения ID 6 месяцев нельзя покидать Бельгию (у меня по крайней мере так, и у друзей с воссоединением тоже).