Подскажите, пожалуйста, если я являюсь налоговым резидентом Португалии и у меня есть статус NHR, при этом я получаю деньги на свой счет ИП в Армении по контракту от Американской фирмы.

Если американская фирма не удерживает налог из вашей зарплаты, то придётся платить в Португалии. Вообще вам конечно лучше взять консультацию специалиста, чтобы он объяснил, как это всё лучше оформить. И посчитал, выгодно ли вам использовать ваш NHR, или прогрессивка с вычетами пока получается лучше.

Место происхождения дохода это не куда вам зачисляют, а откуда вы производете работу. Можете зачислять хоть на счет в пингвиний банк антарктиды, или пересылать в чемоданах наличными в гондурас. Важно что услуги вы оказываете с территории Португалии. Поэтому да, декларировать и платить, 20% с дохода, плюс социальный сбор который там зависит от ряда параметров.