Мы получили визу Алию, но в Израиль пока не приезжали.

В Израиле репатриант с визой с пограничниками не взаимодействует, не переживайте. Будут ли проблемы при въезде в эти страны с визой репатрианта - не знаю, подозреваю, что нет.

На всякий случай сделайте второй загранпаспорт, по закону гражданин РФ имеет право иметь два заграна.

Делать надо биометрический паспорт. Срок изготовления около 3 недель. Цена 5000 руб. В Турцию и Египет с Израильской визой лучше не ездить и в Израиле турецкий штамп не стоит светить.

Вроде не влияет. Но я бы лучше во Вьетнам поехала. Мало ли. Или Тайланд, если не только из этих стран выбирать.