Прилетаю в Шанхай из Франкфурта, пересадка 2 часа на рейс в Пекин, авиакомпания утверждает времени хватит, лечу в 00: 50 следующего дня из Пекина во Владивосток, суммарно время на транзит меньше суток но прилёт 10.

У вас одна а/к от Франкфурта до Пекина? если да, то это их проблема, как вас в Пекин доставить. даже если опоздаете (по вине а/к, конечно), они вас просто пересадят на другой рейс, там самолеты как маршрутки летают, направление-то популярное.