Подскажите, летим в Токио с пересадкой в Пекине а. к. China Southern. Выдадут ли нам багаж в Пекине (пересадка почти 4 часа) или его сразу отправят в другой самолет?

Если одной авиакомпанией, то нет, его просто в след самолет переложат.

Если регистрация багажа до Токио, то хоть час, хоть 20 часов, они сами его перекинут, забирать ничего не надо. Если вам нужен багаж будет, то на стойке регистрвции можно попросить до пекина зарегистрировать.