Я гражданин РФ, скоро будет 30 дней как приехал в Алматы, снимаю квартиру, но хозяйка не хочет подавать уведомление о пребывании, тк не платит налоги, как быть в такой ситуации?

Если не планируете сейчас оформлять РВП, то имеете право находиться до 90 дней без уведомления (ответственность принимающей стороны)

Подача уведомления к налогам не приведёт. При отсутствии уведомления вам ничего не будет, но РВП без него вы не сделаете.

Нет. Там физ лицо, которое не делает уведомление в первый раз отделатся предупреждением.